从诉讼价值的角度来看，不起诉制度所优先考虑的是这样的价值，一是诉讼的效益价值，对部分案件不起诉集中主要力量处理危害较大的犯罪有利于提高国家追诉犯罪的效率。二是保障犯罪嫌疑人、被告人的基本权益，这突出表现在对证据不足不起诉的案件上。从“无罪推定”的原则出发，对不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的属于证据不足，不符合起诉条件，应当作出不起诉决定。三是从诉讼的程序价值出发，诉讼并不一定必须以查明案件真相、惩罚犯罪为唯一目的，恢复被犯罪破坏的社会秩序，维护社会的稳定是诉讼的终极目的。因此，当事人主义的表现之一便是只要社会秩序可以稳定，可以恢复，也可以不必查明犯罪真相。以充分尊重当事人的意愿为出发点，表现在被告方面，被告人只要认罪即进入量刑阶段；在被害人方面，公诉方充分考虑其意愿来决定追诉与否；在公诉方面，表现为极大的几乎不受限制的起诉裁量权，只要公诉方认为不起诉更有利于公共利益，便可以作出不起诉决定。需要说明的是，在当事人诉讼中，检察机关的这种几乎不受限制的自由裁量权是在给予了被害人以充分的诉前权益保障以及有效的其他渠道进行救济的基础上实行的。也就是说公诉机关的起诉裁量权虽然很大，但被害人却不至于因不起诉而得不到救济。比如美国1990年制定了《被害人权利及损害恢复法》（the Victims’ Rights and Restitution Act of 1990）。该法从被害人的人格尊严到知情权、得到判决、恢复损害等诉讼权利，规定的都极为详尽。并且对得不到赔偿的被害人，还由州政府予以补偿。1965年美国加州制定了《暴力犯罪被害人补偿法》，首开被害人补偿制度之先河，随后其他很多州也相继实行该制度。到1982年7月，已有34个州以及哥伦比亚特区与维尔京群岛地区实行犯罪被害人补偿制度。1984年联邦《犯罪被害人法》诞生，就补偿对象、数额、程序作了规定。在这种对被害人权益给予充分有效的尊重和保障的前提下，检察机关起诉裁量权虽然很大，但被害人却可以从国家补偿中获得弥补，而不至于得不到救济。不起诉是在衡量诉讼的效益价值、诉讼秩序价值及程序公正价值的基础上设立的，但这种制度的设立也不能以牺牲被害人的合法权益为代价。如果在某些特殊情况下，牺牲是不得已的、必要的，那么国家应当给予补偿，理由在于国家未能尽到保护公民的合法权益的义务。